Институт практической сексологии организован в соответствии с уставом и включает следующие структурные подразделения:
- Ректорат;
- Учебный отдел;
- Отдел материально-технического обеспечения.
Органы управления:
- Ректор — осуществляет общее руководство деятельностью Института;
- Учёный совет — коллегиальный орган, принимающий решения по учебной и научной деятельности;
- Общее собрание работников — обсуждение стратегических вопросов и внутренних регламентов.
Каждое подразделение выполняет функции, направленные на обеспечение качественного образовательного процесса и поддержание стабильной работы организации.